L'argile, les galets, le basalte ou la laine minérale peuvent être utilisés comme substrat non organique. Comme cela donne de la tenue aux racines et à la plante mais ne la nourrit pas, un engrais spécial pour hydroculture est nécessaire. Afin que la valeur ph de la solution nutritive n'augmente pas trop, il est recommandé d'utiliser des matériaux sans calcaire comme substrat.
Un gros avantage des systèmes hydroponiques est que l'ajout d'engrais hydro est contrôlé exactement. Il est ainsi possible de répondre précisément aux besoins de plante. A côté des engrais spécial hydroculture, ces systèmes ont besoin de récipients pour plantes particuliers. En raison du faible volume de racines des plantes tout comme d'une faible réserve de liquide au fond du pot, les systèmes hydroponiques ne doivent pas être souvent arrosés ni rempotés.